设置
设置的改动立即生效，无需另行确认。每一页底部的「帮助」按钮打开本页对应的小节。设置… 在 macOS 的应用菜单里，其他系统的文件菜单里。
常规
- 外观和语言：配色方案（浅色、深色、跟随系统）、强调色、动态效果、界面字体、界面语言；文献窗格题头显示什么以及题头用的样式和语言。
- 启动：启动时是否打开文献库窗口，可选跟上次一样（默认）、总是打开、从不打开。选从不打开时，文献库窗口的位置和大小仍然记着，需要时手动打开仍摆在原处。文献库收进写作窗口当标签时不受这项影响，它随写作窗口的布局恢复。
- 文件处理：保存文献时是否自动附加相关的 PDF 和其他文件；是否自动检索 PDF 和电子书的元数据；从网页创建文献时是否抓取网页快照。
- 查找全文：用哪几家服务查找开放获取的全文（OpenAlex、Europe PMC、Semantic Scholar、Unpaywall 及其邮箱），以及自定义解析器的管理。
- 文件重命名：附件文件名的自动重命名及模板，见文件重命名。
- 附件标题：在文献列表中显示附件文件名而不是标题，见附件标题与文件名。
- 检索：「检索」菜单（在线查找文献）用的解析器和检索引擎。
- 杂项：是否基于关键词和主题词自动为文献添加标签；回收站里的文献多少天后自动删除。
写作
CiteDesk 自己的设置：编辑区的显示、新建「相关文档」放在哪个文件夹、是否在实时预览中显示排版后的引用、行首标点压缩、自动配对括号与 Markdown 记号。
显示一节只影响编辑区与实时预览里文字的样子，不改动文档，也不影响导出的成稿。
- 正文宽度：文字区的宽度，可选默认（760 像素）、较宽（1000 像素）、全宽，或自定义（480 至 2400 像素）。窗口比所选宽度窄时，文字区随窗口变窄，两侧始终留有边距。
- 字体大小：正文的字号，用滑块在 10 至 30 像素之间调，默认 16 像素；不是默认值时旁边有「恢复默认值」。
- 快速调整字体大小：开启后，在编辑区里按住 Ctrl 并滚动滚轮，或在触控板上双指捏合，字体大小加一或减一（macOS 上只有捏合有效）。默认关闭。
- 正文字体、等宽字体：编辑区正文和代码、属性（frontmatter）源码用的字体。点「选择字体…」打开字体列表：列出本机装着的字体，搜索后点一下加入；已选的字体可以拖动调整次序，也可以删除。列表中第一个本机已安装的字体生效；不指定则使用默认字体。本机没有的字体会标出来。等宽字体对应用里其他等宽文字同样有效。「界面字体」在「常规」页。
- 行距：每行的高度，紧凑（1.5）、默认（1.75）、宽松（2）、更宽松（2.25），数字是字体大小的倍数。
- 段间距：两个相邻的普通段落之间每个空行的高度，紧凑（0.6 行）、默认（1 行）、宽松（1.5 行）、更宽松（2 行）。只在实时预览里生效；标题、列表、引用、表格、公式、代码块、HTML 块、分隔线等各按自己的间距，不受这一项影响，这些块里面的空行也不受影响。标题的行高与标题前的间距是固定的，不随「行距」和「段间距」变化。
行为一节：
- 新链接格式：自动生成内部链接（输入
[[补全）以及改名后更新链接时，链接文字写成最短路径、相对当前文件的路径，还是从工作区根目录起的完整路径。 - 使用 Wiki 链接：输入
[[补全时写[[文件名]]（默认），关闭后改写标准的 Markdown 链接[文字](路径)。已经写好的链接不受影响，改名后更新链接时每条链接也保持自己原来的写法。 - 附件默认存放路径：粘贴或拖进正文的图片和文件（以及阅读器批注摘录里的图）存在哪里：工作区的根目录（默认）、当前文件所在的文件夹、当前文件夹下的某个子文件夹，或指定的一个文件夹。路径从工作区根目录算起，不存在时自动建立；选后两种时下面多出一个文本格，留空时用「附件」。已经存下的文件不会挪动。
- 始终更新内部链接：在文件列表里给文件或文件夹改名、移动之后，正文里指向它们的链接（以及被移动的文档自己的相对链接）是否直接更新。关闭时会先询问，可选「始终更新」「仅此一次」「不更新」。只有在 CiteDesk 里改名、移动才会更新，在 CiteDesk 之外改名不会；代码、公式、注释里的内容，以及引用和注释标记不会被改写。没能更新的文档会列在通知里，需要您手动改。
账户
登录或注册 CiteDesk 账户。登录和注册在系统浏览器里完成，桌面应用不会接收您在登录页面中输入的密码。登录、退出和切换账户都不会改动本机的文献库和文档。退出登录时，本页分别说明本机是否已退出、服务器是否确认撤销保存的登录凭据、浏览器里的退出页面是否已打开。切换账户… 会重新登录，并显示实际登进来的账户。
第一次登录前（只用自带存储同步而不登录的，则在第一次保存同步凭据前）会问一次怎样保存本机凭据；这个选择同时管登录凭据、同步凭据和同步的加密密钥。用系统钥匙串加密时，凭据文件拷到其他电脑上无法使用，可能弹出钥匙串授权框，更新应用后需要输入一次电脑的登录密码。存为只有本人可读写的文件时，不会弹出授权框，但凭据文件被拷走或泄露后，别人可以用它登录账户、读写同步数据。使用自带存储的，还包括存储的密钥。凭据存在应用配置目录里，不在文献库的备份和导出中。
以后可以在本页的 本机凭据的保存方式 里更改，已保存的凭据会一起改存；有一部分没改成时，原文件仍保留，本页会给出 重试。账户页最下面一行显示当前的同步状态，点 同步设置… 进入「同步」页。
同步
把文献库和工作区同步到多台设备。页面最上面是状态卡和 立即同步、暂停，下面分 这台设备、安全、存储与历史 三组，最底下是可折叠的 高级（转移、断开同步、重置本机同步凭据）。详细说明见同步。
导出
快速复制：设定「复制引用」和「复制参考文献表」命令输出什么格式（某个参考文献样式，或某种导出格式）和什么语言。输出同时带富文本和纯文字。
引用
- 样式管理器：列出内置和导入的全部样式。可以从文件导入 CSL 样式、移除样式、恢复默认样式，也可以打开样式库网站挑选。移除的内置样式可以通过「恢复默认样式」找回。
- 引用对话框：引用对话框的模式（最近使用的、文献库或列表）。
- 引用选项：是否在参考文献里包含纸质文章的网址。
- 工具：样式编辑器，修改一份样式并立即看到效果；样式预览，用选中的文献查看每个样式排出的引用和参考文献表。
文档用哪个样式、哪种语言不在这里设，在每篇文档的文档首选项里设。
样式编辑器
在设置「引用」页的「工具」组，或 工具 > 开发者 > 样式编辑器 打开。先在文献库里选中几条文献，样式编辑器用它们排版。
窗口上方选一个样式，它的 CSL 全文就放进编辑区；改动停下片刻，下面的预览随之更新，分「单独引用」「单一引用」和「参考文献表」三段。工具条上可以填定位符、选定位符类型、勾「省略作者」，选引用位置（first、subsequent、ibid、ibid-with-locator、near-note，这是 CSL 里 position 的取值）来试样式在各种情况下的写法；这些只影响预览。
- 样式不合 CSL 模式时，出错的行会画上波浪线，悬停可以看到原因。校验只是提醒，预览照常更新。
- 另存为… 把编辑区的内容原样存成 .csl 文件。
- 安装 把编辑区的内容原样装进样式管理器：同一个样式 ID 是更新，与内置样式同 ID 会覆盖内置。样式不合 CSL 模式时照样安装，不另问；出错的行在样式编辑器里已经标出来了。
样式编辑器只改您亲手改的字，不会替您补写或修正样式；预览用的是和文档排版相同的排版引擎。
代理
机构代理（EZproxy 一类改写网址的代理，以及 OpenAthens）的开关和名单，用于通过学校或机构的订阅访问期刊。浏览窗口访问网站时会按名单透明地改走代理。代理的识别、关联的主机和「永不代理」的主机都在这一页，见浏览窗口与网址添加。